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La historia comienza cuando una extraña columna negra aparece en frente de todos. De ella salen dos criaturas a las que las fuerzas especiales intentan destruir sin éxito. Dos investigadores que lo presencian todo son tragados por esa columna negra. Ya la historia nos lleva hasta la aparición de los pequeños gemelos Ai y Yu, los hijos de los investigadores que fueron tragados por esa columna años atrás. Sus padres han vuelto a ir a ese mundo que llaman el "Mundo interior". En el tren que logran coger para ir al mundo interior conocen a Lisa Pacifist una agente especial, experta en kingenjutsu, que han enviado para encontrar a los padres de Ai y Yu.
Durante su estancia en el mundo exterior, Ai y Yu protegidos siempre por Lisa, conocerán a los comodín, a Kaze, a Makenshi y a otros muchos que los ayudarán en su viaje.